Eine weitere sehr wichtige Aufgabe ist die medizinische Betreuung der Menschen. Viele leiden unter Malaria, Tuberkulose und sehr viele (eine "Hinterlassenschaft" der Soldaten) unter AIDS. Der Freundeskreis Kongo unterstützt 10 Gesundheits-Stationen durch Instandsetzung von Gebäuden, Basis-Ausstattung, Besoldung von Krankenpflegern und Kauf von Medikamenten. Selbstverständlich sind diese Stationen nicht mit hiesigen Arztpraxen vergleichbar, aber wo es überhaupt keine ärztliche Hilfe gibt, ist eine Station, wo man einfache Krankheiten behandelt, kleinere Operationen durchführt oder Geburtshilfe leistet, bereits ein medizinisches Paradies, oft genug lebensrettend. Für die Hoffnung auf Linderung ihrer Beschwerden gehen die Menschen nicht selten 20-30 km zu Fuß.